Con la llegada de la democracia a nuestro país a finales de los años setenta, se promulga finalmente, en 1980, la Ley de Libertad Religiosa, resultado de una Constitución que por primera vez reconoce el principio de aconfesionalidad del Estado. En 1986 se constituye la Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España (FEREDE), y el 10 de noviembre de 1992 aparecen en el B.O.E. los Acuerdos de Cooperación del Estado con la FEREDE, después de haberle sido reconocido al protestantismo español un «notorio arraigo».
El 15 de septiembre de 1993 se constituye el Consejo Evangélico de Madrid para promover la comunión cristiana y la unión de las Iglesias Evangélicas e instituciones de Confesionalidad protestante en la Comunidad de Madrid, tras dos años de trabajo de la junta fundadora presidida por Jose Pablo Sánchez.
El 17 de octubre de 1995, Alberto Ruiz Gallardón, entonces presidente de la Comunidad de Madrid, acude a la Primera Iglesia Bautista de Madrid en la calle General Lacy 18, donde estampa su firma en el primer Convenio Marco de Cooperación entre el Gobierno de la Comunidad de Madrid y el Consejo Evangélico de Madrid (CEM). Por el CEM firma Daniel Vergara, entonces presidente. Se escribe así una página determinante en la historia de los protestantes madrileños.
Las negociaciones entre el CEM y la Comunidad de Madrid se habían iniciado dos años antes con el gobierno que presidiera Joaquín Leguina. Pedro Tarquis, primer Secretario Ejecutivo del CEM, fue el responsable de las negociaciones y el que logró concretar el acuerdo dos años después con Alberto Ruiz Gallardón. Junto con Manuel García Lafuente, Consejero de Cultura, fueron los encargados de liderar los programas de actividades del CEM en la nueva época de colaboración con el gobierno regional, que mediante un Convenio con la Consejería de Educación y Cultura (hoy Consejería de Educación), aporta fondos para programas de actuación cultural y educativa de la institución de los protestantes madrileños.
Así, se realizan ciclos de conferencias (Historia protestante y protestantes en la Historia, La Biblia en Madrid…), conciertos y festivales (“Pueblos sin Barreras” en el Palacio de Cristal de la Casa de Campo…), programas de talleres formativos (“Aula Cultural”), certámenes culturales en distintos centros y auditorios públicos (“Semana de Arte y Cultura”, Certamen de Poesía Religiosa…), exposiciones de fotografía y pintura, concursos de fotografía infantil…, celebraciones deportivas (“Olimpiadas evangélicas” en el estadio de Vallehermoso…), rutas culturales al Madrid Protestante, actuaciones de carácter social con el voluntariado evangélico, etc. etc. Todo ello al lado de una importante trayectoria editorial.
Entre los proyectos desarrollados por el CEM estuvo la puesta en marcha de Radio Encuentro, una emisora de FM representativa de los evangélicos madrileños fundada por Jose Pablo Sanchez como consejero de Medios de Comunicación, que en la actualidad es independiente, aunque miembro de la asamblea del Consejo.
En 2002, con la entrada de Máximo García Ruiz como secretario ejecutivo, se refuerza la colaboración con la Comunidad de Madrid con la negociación y subsiguiente firma de unos Acuerdos complementarios de conservación del Patrimonio Protestante, al lado del Acuerdo de Cooperación para la subvención oficial a los programas culturales del CEM año tras año. Se intensifica asimismo, notablemente, la actividad editorial con la producción y edición de obras, no solo importantes, sino incluso de referencia en la bibliografía protestante en español, como “Iglesia y sociedad” o “Protestantismo en 100 palabras”.
En esta segunda etapa del CEM se impulsa la idea de celebrar un Congreso Protestante en Madrid. En el verano de 2003 se ultima un borrador de ideas-fuerza para el programa de la convocatoria y se invita a la totalidad de familias denominacionales e instituciones, así como a destacados líderes a título personal, a que participen en los trabajos de preparación del Congreso. Un Comité Organizador formado por una veintena de hombres y mujeres se encargará de llevar a buen puerto la fase preparativa del I Congreso Protestante de Madrid, que se celebra en Madrid del 24 al 27 de noviembre de 2005 bajo el subtítulo de “Iglesia y sociedad. Asumiendo nuestra misión” y el lema “Una respuesta evangélica”. Al acto inaugural asistirá la Presidente de la Comunidad de Madrid, Dña. Esperanza Aguirre, Diputados de la Comunidad de Madrid, representantes del Ayuntamiento de Madrid y la Directora General de Asuntos Religiosos del Ministerio de Justicia, Dña. Mercedes Rico. En el solemne culto de clausura se registró un aforo histórico para un culto protestante interdenominacional con Santa Cena, con la asistencia de unas mil quinientas personas.
En la Asamblea de Marzo del 2006, por primera vez, se aprueba la contratación y elección de un Secretario Ejecutivo a medio tiempo. Manuel Cerezo Garrido es el propuesto por la Junta Directiva para el cargo y aceptado por la Asamblea, Máximo García deja su cargo y es elegido Presidente del Consejo.
Las relaciones con la Viceconsejería de Presidencia de la Comunidad de Madrid se incrementan, los contactos con cargos políticos de diferentes Consejerías, el desarrollo y la promoción del CEM a nivel institucional crecen, y como resultado de esto, se firma un Convenio para la Asistencia Religiosa en los Centros hospitalarios de la comunidad de Madrid. D. Javier Fernandez-Lasquetty Blanc, Consejero de Sanidad y el Secretario Ejecutivo del CEM, Manuel Cerezo Garrido, firman este Convenio.
En noviembre de 2024 la Asamblea del CEM reunida en sesión extraordinaria elige a Samuel López Padilla tras la jubilación de Manuel Cerezo, lo que supone una nueva etapa en el caminar del Consejo con un cambio generacional y la introducción de nuevas fuerzas jóvenes en la junta directiva.